
Questi monumenti erano il simbolo del potere esercitato dai vari clan (uji) che allora governavano sull'arcipelago. Il potere di ciascun uji era diversificato e proporzionale alla dimensione e alla maestosità della tomba-kofun che riusciva a costruire. Infatti, le tombe più imponenti sono quelle concentrate nel Giappone centrale (precisamente nell'attuale provincia di Nara) e attribuite all'uji Yamato, il clan più forte che riunì tutti gli altri sotto la propria egemonia, creando così uno stato centralizzato. Per fare ciò, i signori di Yamato non ricorsero solo alla forza, alla minaccia o alla coercizione, ma anche, e soprattutto, alla negoziazione e alla persuasione, incorporando gli altri clan e coinvolgendo i loro capi nel nuovo sistema di potere. In questo modo, il clan Yamato si pose a capo di una confederazione di uji, con ciascuno dei quali stabiliva legami attraverso l'assegnazione di titoli onorifici (noti come kabane) e una proficua politica matrimoniale atta a rinsaldare le alleanze.
Ne risultò uno Stato con un sistema amministrativo fortemente gerarchizzato, il cui vertice era occupato dai capi Yamto seguiti dagli uji più vicini alla loro stirpe, i quali si occupavano di tasse e questioni militari. Man mano che diminuiva il legame di parentela con la stirpe egemone, gli altri capi uji potevano aspirare al titolo di omi (la classe ministeriale) o, in un gradino immediatamente inferiore, a quello di muraji (responsabile delle mansioni esecutive). Al di sotto e al servizio degli uji, vi erano i be, i lavoratori, raggruppati a seconda dell'occupazione che svolgevano: c'erano be di contadini, be di servitori, be di pescatori e così via. Infine, sotto i be, al livello più basso della gerarchia, stavano gli yatsuko, cioè gli schiavi.
Il periodo Kofun, contraddistinto quindi dalla presenza degli omonimi monumenti funerari e dall'ascesa dell'uji Yamato, termina nella prima metà del VI secolo d.C., quando l'introduzione del Buddhismo portò al progressivo abbandono della pratica di costruire le tombe a tumulo (a favore della cremazione) e alla trasformazione della coalizione di clan in vero e proprio Stato centralizzato su modello cinese.