La conquista del potere politico del Giappone da parte di Minamoto no Yoritomo, in seguito alla vittoria riportata sul clan Taira nella guerra Genpei (1180-1185), segnò il definitivo passaggio del Giappone al feudalesimo. Infatti, a partire dal 1185, si assiste alla nascita di un nuovo centro di potere, alternativo alla Corte imperiale e con un assetto politico propriamente feudale. Si tratta del cosiddetto "bakufu di Kamakura", un governo militare fondato sullo stretto rapporto signore-vassallo che intercorreva tra il clan Minamoto e alcune famiglie del Kanto, che nella precedente campagna militare contro i Taira avevano aderito alla causa di Yoritomo: in cambio della loro fedeltà incondizionata e personale ai Minamoto, queste famiglie ottenevano incarichi amministrativi (jito) e militari (shugo) in varie tenute del Paese, nonchè il diritto di proprietà sulle terre confiscate ai nemici e ai cavalieri di dubbia lealtà. In questo modo, Yoritomo poteva contare, oltre che su una forte base economica personale, anche su una vasta rete di controllo, fatta di uomini fidati (i gokenin) sparsi per tutto il Giappone. Per di più, egli godeva di un vasto potere politico, garantito e legittimato dalla stessa Corte imperiale di Kyoto, la quale riconosceva il nuovo governo di Kamakura, conferendo a Yoritomo la carica di sotsuibushi (capo della polizia militare) nel 1185, quelle di soshugo (capo dei governatori militari) e di sojito (capo degli intendenti terrieri militari) nel 1190 e, infine, quella in assoluto più alta di shogun nel 1192. Allo stesso tempo, Yoritomo e i suoi sucessori si impegnavano a riconoscere l'istituzione imperiale quale unica fonte di legittimazione del potere politico e a convivere con essa in una sorta di "governo duale", anche se, di fatto, la Corte di Kyoto andava via via perdendo competenze e proprietà terriere a favore del governo militare instaurato da Yoritomo.
Tuttavia, il bakufu di Kamakura, sebbene all'inizio si fosse rilevato piuttosto efficace, fu messo a dura prova da due grandi crisi che lo colpirono durante il suo secolo e mezzo di vita e che ne segnarono, sia pure indirettamente, la fine. La prima di queste crisi fu determinata dalla scomparsa della stirpe degli shogun Minamoto. Infatti, dopo la morte di Yoritomo nel 1199, i discendenti diretti di quest'ultimo non riuscirono a gestirne l'eredità e vennero presto rimpiazzati dagli Hojo. Questa famaiglia, in passato tutrice di Yoritomo, riuscì quindi a subentrare nel governo del Giappone sotto la guida di Hojo Masako (1157-1225), moglie di Yoritomo, e di suo padre Hojo Tokimasa (1138-1215), il quale nel 1203 assunse per primo la carica di shikken, ovvero di reggente dello shogun. Da questo momento, gli Hojo riuscirono a governre da dietro le quinte il bakufu di Kamakura, mentre la carica di shogun finì per assumere un valore puramente simbolico.L'altra grande crisi di questo periodo era invece rappresentata da una grave minaccia esterna: i tentativi di invasione dei mongoli del 1274 e del 1281. Infatti, mentre il Giappone stava vivendo un periodo di pace e di stabilità interna sotto la guida degli Hojo, nel continente asiatico, sul finire del XIII secolo, i capi mongoli stavano dando vita al più esteso impero della storia mondiale. Dopo aver conquistato la Corea e soffocato gli ultimi focolai di resistenza in Cina, l'imperatore mongolo Qubilay Qan, vista respinta dal bakufu di Kamakura la richiesta di sottomissione alla sua autorità, inviò in Giappone una spedizione navale che raggiunse le coste settentrionali del Kyushu nel 1274. Tuttavia, prima ancora che vi fossero scontri decisivi, un tifone provocò igenti danni alla flotta nemica costringendola alla ritirata. Un cosa analoga avvenne nel 1281: una nuova invasione mongola, ancora più poderosa della prima, fu vanificata ancora una volta da un tifone improvviso.
